“十二五”期间，四川种业将全面贯彻落实科学发展观，按照四川农业发展“三个跨越”的总体要求，紧紧围绕保障粮食安全、发展特色效益农业、促进农民增收和发展现代农业的总体目标，以市场和生产需求为导向，以质量和效益为中心，以体制和机制创新为动力，以工程和项目为载体，努力夯实“四大基础”，即重点建设农作物品种区域试验展示、良种繁育、种子质量监管体系和龙头企业新品种研发等四大基础设施；着力提升“四大能力”，即着力提升种业科技创新能力、良种有效供给能力、良种推广应用能力、种子监督管理能力；大力提高种子“三率”，即提高良种覆盖率、品种优质率和种子贡献率。
    四川种业“十二五”期间的发展目标是：全力打造种子产业的核心竞争力，建立现代种业体系，实现由种业大省向种业强省的根本性转变。到2015年底，通过建设一批高产稳产的标准化良种繁育基地，规划落实一批功能齐备的农作物新品种区域试验站，不断完善全省种子质量监督管理体系，努力创建现代种业新品种研发中心，推进种子企业育、繁、推一体化和机制创新进程，打造一批具有国内先进水平的种业企业和知名品牌，使我省主要杂交种子商品率稳定在100%，常规种子商品率提高到60%以上，良种覆盖率平均达到95%以上，品种优质率达到75%以上，良种对农业增产的贡献率提高到45%。实现种子年产值85亿元以上，培育具有生物育种优势的种业龙头企业10家，启动生物产业优势核心区建设，创建种子名牌商标10个，带动基地农民年人均增收100元，有效支撑我省现代农业迈上新台阶。